El programa de MCDR se integra por un curso propedéutico y cuatro semestres. El curso propedéutico está compuesto por tres asignaturas: (1) Introducción a los Métodos CualigCuantitativos, (2) Introducción a la Economía, y (3) Estadística. El contenido del curso propedéutico se aborda durante un ciclo lectivo semestral, siendo su objetivo homogeneizar el grado de conocimientos que en materia de desarrollo regional requieren los aspirantes para ingresar a la MCDR. Es importante mencionar que el curso propedéutico es parte del proceso de selección para ingresar al programa de maestría. Por lo que, los aspirantes a la MCDR deberán acreditar cada una de las asignaturas del curso propedéutico con una calificación mínima de 8.0 (ocho punto cero).
Posterior al curso propedéutico, los alumnos inscritos a la Maestría deberán cursar cuatro semestres para obtener el Grado de Maestro(a) en Ciencias del Desarrollo Regional, debiendo al término del cuarto semestre, presentar y acreditar el examen de grado. Cada semestre tendrá 16 semanas efectivas de clase por semestre.
El programa de actividades académicas y de investigación de la MCDR está formado por cursos monográficos obligatorios, optativos y un seminario tutorial de tesis (ver estructura del programa). Cada crédito será equivalente a 16 horas de trabajo y serán necesarios 100 créditos para cumplir con el total de la maestría. Del total de 100 créditos, 52 se obtienen a través de asignaturas obligatorias, 32 a través de las asignaturas optativas y 16 a través del seminario de tesis. De tal forma, durante la maestría los estudiantes cursan seis asignaturas obligatorias, cuatro asignaturas optativas y el seminario de tesis mencionado.